Noc Muzeów realizowana jest (od 2004 r.) przez Stałą Konferencję Dyrektorów Muzeów Krakowskich oraz Wydział Kultury i Dziedzictwa Narodowego Urzędu Miasta Krakowa. Podczas Nocy udostępniane są wystawy stałe, zmienne oraz pomieszczenia muzealne na co dzień niedostępne dla zwiedzających. Organizatorzy przygotowują specjalne atrakcje: warsztaty, prezentacje multimedialne, odczyty, pokazy walk rycerskich, oprowadzania z przewodnikiem czy koncerty. Biletem wstępu do wszystkich muzeów jest specjalnie wybita na tę okazję pamiątkowa moneta w symbolicznej cenie 1 złoty, którą można zakupić w muzeach uczestniczących w akcji. Upoważnia ona do nieograniczonego wstępu do placówek muzealnych, biorących udział w projekcie i do bezpłatnych przejazdów komunikacją miejską. Stanowi także wartość numizmatyczną.
Noc Muzeów w Krakowie celowo organizowana jest w nocy z piątku na sobotę – w przededniu ogólnopolskiej Nocy Muzeów - aby zarówno mieszkańcy Krakowa, jak i turyści przybywający wówczas do Krakowa, mieli możliwość uczestniczenia w nocach organizowanych w innych miastach.
W Nocy Muzeów 2016, która odbędzie się 13/14 maja udział weźmie 25 muzeów; wraz z oddziałami będzie to 47 placówek muzealnych. Wstęp na wszystkie przedsięwzięcia jest wolny - w wybranych muzeach konieczna jest rezerwacja miejsc (np. Podziemia Rynku, Fabryka Schindlera, Muzeum Żup Krakowskich w Wieliczce).
Noc Muzeów cieszy się ogromną popularnością, w roku 2015 uczestniczyło w niej 145 tys. zwiedzających (dla porównania: w pierwszej edycji nocy w 2004 r, krakowskie muzea odwiedziło ok. 50 tys. osób).
Tegoroczna edycja Nocy Muzeów będzie się odbywać pod hasłem „Odkrywamy nieznane”.
Po raz pierwszy weźmie w niej udział oddział Muzeum Niepołomickiego - Małopolskie Centrum Dźwięku i Słowa - Muzeum Fonografii Niepołomice, ul. Zamkowa 4, z wystawą „XX wiek – geneza dźwięku”.
Szczegółowy program oraz lista instytucji biorących udział w przedsięwzięciu znajduje się na stronie internetowej www.krakowskienoce.pl